La Fondation Paul Bennetot est administrée par un Comité de Gestion, instance de gouvernance et de décision, sous la présidence d'Etienne Caniard.

Il est assisté par un Comité Scientifique instance de réflexion et de validation scientifique, présidée par le professeur Jacques Watelet, chirurgien vasculaire au CHU de Rouen.

La gestion opérationnelle est assurée par la Fondation de l’Avenir, sous la direction de Dominique Letourneau, directeur général.